根据国家科技部的办法，认定的流程是75个工作日。但是部分地区的工作量大，时间紧，比如经济发达的沿海地区。因此在工作的程序上内部进行了压缩，现在是48个工作日。
高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。也就是说高新技术企业认定的有效期是三年。有效期后先不必进行高新技术企业认定，可以先进行复审，高新技术企业认定工作指引明确规定，在高新技术企业资格期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
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